Los orígenes de la Dirección General del Tesoro Público datan desde el nacimiento del Ministerio de Hacienda, donde una de sus principales funciones fue la de administrar de manera eficiente los ingresos percibidos que incluían rubros como: Depósito Común, Diezmos, Contribución Fiduciaria, Papel Sellado, Derechos de Extracción, entre otros.
Sin embargo, fue con el gobierno de Carlos Antonio López donde se reorganizó las Secretarías de Estado, y se estableció el cargo de Tesorero y Colector General del Erario Nacional, siendo el señor Benito Varela el primer ciudadano en ocupar dicho cargo, desde el 10 de junio de 1844 hasta 31 de agosto del mismo año.
Observando la historia más reciente, hasta finales de la década de los 90, la Tesorería General se enfocaba en los pagos de la administración central y entidades descentralizadas de manera centralizada y con procesos manuales de gestión. Entre los años 1995 y 1996, se implementa un moderno sistema de gestión e información financiera descentralizada y de vanguardia en la región, denominado “Sistema Integrado de Administración Financiera (SIAF)”, con la característica de estar totalmente automatizado e integrado, y el 31 de diciembre de 1999 se promulga la Ley Nº 1535 de Administración Financiera del Estado, donde se le atribuye a la Dirección General del Tesoro Público la responsabilidad de ser el órgano rector en cuestiones de Tesorería Pública.
Actualmente y en los últimos años, la DGTP se encuentra abocada a la modernización de sus procesos administrativos y la desburocratización de los mismos, incorporando importantes innovaciones tecnológicas que apuntan a una mayor transparencia, mejor programación, seguridad en la información y la paulatina eliminación del uso del papel en sus gestiones, haciendo posible que el circuito de ejecución del gasto se realice de manera totalmente electrónica, desde la generación de Plan de Caja hasta la transferencia efectiva de los recursos a los beneficiarios correspondientes.